معایب روش تحقیق علی مقایسه ای در انجام پایان نامه ارشد روانشناسی مشاوره و علوم تربیتی مبحثی است که هر محقق باید بداند.
معایب:
1ـ مهم ترین ضعف این روش عدم کنترل و ناتوانیی در دستکاری متغیرهای مستقل است. محقق باید واقعیت ها را بدان صورتی که هست و بدون توجه به طبقه بندی شرایط یا دستکاری متغیرهایی که در ابتدا برواقعیت ها تأثیر می گذارند، درنظر بگیرد.
2ـ عدم اطمینان دربارۀ این که عوامل علّی مناسبی در بین عوامل مورد مطالعه وجود دارد.
3ـ این مشکل که عامل واحدی علّت بوجود اورنده نتیجۀ حاصل نیست بلکه ترکیب و کنش متقابل عوامل در شرایط معین است که باعث می شود نتیجۀ خاصی بدست آید.
4ـ این واقعیت که دو یا چند عامل با هم رابطه دارند لزوماً به معنای یک رابطۀ علّی و معلولی نیست. این متغیرها ممکن است همگی با متغیر دیگری که شناخته شده است همبستگی داشته باشند.
5ـ یک پدیده نه تنها ممکن است از علل متعددی بوجود آمده باشند بلکه همچنین امکان دارد در یک موقعیت از یک علت و در موقعیت دیگر از علت دیگری ناشی شده باشد.
6ـ هنگامی که رابطه بین دو متغیر کشف شود، تعیین این که کدام یک علّتا و کدام یک معلول است ممکن است دشوار باشد.
7ـ طبقه بندی آزمودنی ها در گروه های دو مقوله ای به منظور مقایسه مشکلاتی به وجود می آورد زیرا طبقه های از این نوع مبهم قابل تغییر و موقتی هستند.
8ـ بررسی های طبیعی در موقعیت های تطبیقی امکان انتخاب کنترل شدۀ آزمودنی را فراهم نمی کند پیدا کردن گروه هایی از آزمودنی ها که از لحاظ تمام موارد شبیه به یکدیگر باشند به استثنای یک متغیر، بسیار مشکل است.